Banegården i Novosibirsk er en vigtig bygning, idet jernbanen var årsagen til byens grundlæggelse. Den første station blev åbnet i 1894, og efter flere udvidelser blev den nuværende banegård bygget i 1930erne. Man kan tage tog til mange byer i dag, hvoraf den vigtigste strækning er banen mellem Moskva og Vladivostok. Man kan også tage med byens metro fra pladsen foran stationen.