Nikolaikirche er den ældste af Stralsunds tre store, gamle sognekirker. Den blev indviet i 1276 og dedikeret Sankt Nikolaj, der er skytshelgen for sømænd, der altid har været en vigtig en af byens udvikling. Kirkens to tårne blev ødelagt i 1662, og i 1667 fik sydtårnet en barokhat på, mens nordtårnet blev stående uden genopbygning.